Surabaya (beritajatim.com) – Varian Omicron sudah masuk ke Jawa Timur (Jatim), lantas bagaimana varian baru yang mulanya ditemukan di Afrika Selatan ini bisa dideteksi?
Omicorn merupakan varian Covid-19 yang bermutasi pada daerah spike atau yang bisa disebut dengan varian gen S. Varian gen S bisa di deteksi dengan PCR metode SGTF (S-Gene Test Failure) yang relatif efektif menjaring sample dan kemungkinan tinggi Omicron.
Melalui SGTF yang memiki reagen khusus yakni reagen gen S, Omicron di Indonesia bisa terdeteksi hingga 74 persen. Periode 16-22 November dari 11 sampel SGTF terdeteksi 2 positif sedangkan pada periode 23-29 November dari 105 sample SGTF terdeteksi positif sebanyak 78 sample atau sekitar 74 persen.
Reagen yang digunakan kebanyakan di Indonesia merupakan reagen yang mendeteksi gen ORF1a, ORF1b, gen N dan gen E. Sedangkan varian Omicorn merupakan varian yang memiliki mutasi pada bagian spike virus atau gen S, yang menyebabkan banyak PCR di Indonesia tidak terpengaruh oleh varian Omicron. Untuk itu varian Omicron dapat dideteksi melalui SGTF dan WGS (Whole Genom Sequencing).
Meski demikian PCR tetap bisa digunakan karena saat ini sudah banyak digunakan reagen N yang di dalamnya juga meliputi pergerakan mutasi di daerah spike, meski tidak benar-benar terfokus di daerah gen S. Oleh karenanya bisa dilakukan analisis lebih jauh setelah hasil PCR positif untuk dilakukan SGTF.
Tetapi metode SGTF pun tidak selalu fokus mendeteksi Omicron karena varian Delta pun merupakan varian yang bermutasi pada daerah spiken atau varian mutasi gen S. Sehingga yang ditemukan biasanya tidak serta merta Omicron tetapi bisa juga Delta. Hanya dengan WGS yang mampu memperlihatkan mutasi apa saja yang terjadi sehingga bisa ditentukan apakah mutasi tersebut termasuk Omicron atau bukan.
Sedangkan WGS sendiri merupakan alat yang khusus untuk mendeteksi varian suatu virus tetapi kelemahanannya membutuhkan waktu yang lama dan biaya yang lebih tinggi. Terlebih dari itu, tes antigen yang rata-rata menggunakan reagen gen N tentu tidak bisa mendeteksi varian Omicron yang merupakan gen S.
[berita-terkait number=”4″ tag=”omicron”]
“Kalaupun antigennya bisa mendeteksi gen s biasanya antigen tersebut menggunakan reagen N yang mana masih memungkin varian lain dari gen N dan S yang terdeteksi sehingga tidak terfokus pada Omicron,” ujar Prof Dr dr Tonny Loho DMM, Pakar Medis, Satgas Penanganan Covid-19 dalam Forum Diskusi Denpasar 12.
Lantas bagaimana jika PCR Positif tetapi laboratorium tersebut tidak memiliki SGTF? Ada beberapa hal yang bisa dicuragai untuk membawa sampel tersebut dalam penelitian laboratorium lanjutan seperti WGS, yakni jika spesimen berasal dari:
1. Turis, pelaku perjalanan luar negeri atau pendatang yang berasal dari negara yang sudah tertular varian Omicron.
2. Pasien yang sebelumnya sudah divaksin lengkap atau sudah sembuh dari sakit tetapi masih tertular positif dan sakit.
3. Bila terjadi outbreak pada populasi yang cakupan vaksinasinya tinggi.
4. Pasien yang sakitnya berat.
Namun, Universitas Airlangga (Unair) melalui Pusat Riset Rekayasa Molekul Hayati, yang dikepalai oleh Prof. Dr. Ni Nyoman Tri Puspaningsih, M.Si mengatakan bahwa Unair telah menerapakan satu teknologi pendeteksian mutasi virus yang disebut Genotyping, yang prosesnya jauh lebih cepat dan murah jika dibandingkan SGTF dan WGS (Whole Genom Squencing). Teknologi Genotyping di Unair pun telah digunakan untuk PUIP mendeteksi varian D614G dan Q677H pada tahun 2020.
[berita-terkait number=”4″ tag=”covid-19-jatim”]
“Teknologi Genotyping ini selain cepat dan tentunya lebih murah dan juga menjadi supporting teknik selain SGTF dan WGS. Dengan pengalaman Unair dalam mendeteksi varian D614G dan Q677H, maka teknologi genotyping pun bisa digunakan untuk mendeteksi dengan cepat dengan menggunakan primer dan probe khusus untuk varian Omicorn,” ujar Prof Nyoman kepada beritajatim.com, Minggu 2/1/2022.
Dalam penelitian di Unair daerah spike pada virus merupakan kajian khusus yang terus dipelajari secara ketat. Prof Nyoman mengatakan bahwa ada dua daerah di dalam spike yang menjadi fokus utama, yakni RBD dan Furin Cleavage Site (FCS). Sehingga dalam kajian di Unair melalui genotyping dengan menggamati single type mutation. Kalau SGTF lebih mendeteksi positif negatif pada sasaran gen-nya, kalau Genotyping melacak posisi mutan-mutan yang menjadi target.
“Alhamdulillah kami di Unair ada dua pusat unggulan dalam riset yang bisa melakukan WGS dan Genotyping, yang mana genotyping mampu mempermudah dan mempercepat proses identifikasi karena kami dalam sekali proses genotyping bisa merespon 3000 sample,” ungkap Prof Nyoman.
Meski demikian butuh penelitian lebih lanjut terkait dampak lain lain dari tingginya kemampuan Omicron dalam binding energy dengan sel inang. Untuk itu Prof Nyoman menyarankan langkah yang bisa dilakukan adalah terhindar dari infeksi Covid-19 dengan melakukan vaksinasi dan ketat dalam protokol kesehatan 5M. [adg/suf]
