Iklan Banner Sukun
Pendidikan & Kesehatan

Binding Energy Omicron Paling Kuat, Ini Penyebabnya

Surabaya (beritajatim.com) – Omicron merupakan varian mutasi dari virus Covid-19 yang daerah mutasinya berada di daerah spike atau gen S. Dalam penelitian di Universitas Airlangga (Unair) melalui Pusat Riset Rekayasa Molekul Hayati yang dikepalai oleh Prof. Dr. Ni Nyoman Tri Puspaningsih, M.Si, daerah spike pada virus merupakan kajian khusus yang terus dipelajari secara ketat.

Prof Nyoman mengatakan bahwa ada dua daerah di dalam spike yang menjadi fokus utama, yakni RBD dan Furin Cleavage Site (FCS). Sehingga dalam kajian di Unair melalui genotyping dengan menggamati single type mutation. Kalau SGTF lebih mendeteksi positif negatif pada sasaran gen-nya, kalau Genotyping melacak posisi mutan-mutan yang menjadi target.

“Alhamdulillah kami di Unair ada dua pusat unggulan dalam riset yang bisa melakukan WGS dan Genotyping, yang mana genotyping mampu mempermudah dan mempercepat proses identifikasi karena kami dalam sekali proses genotyping bisa merespon 3000 sample,” ungkap Prof Nyoman kepada beritajatim.com, Minggu 2/1/2022.

Dalam penelitian di Unair, Prof Nyoman menjelaskan bahwa posisi varian Omicron memiliki 2 point mutation yang letaknya pada daerah Furin Cleavage Site. Point mutation lainnya Omicorn juga ditemukan pada varian Alpha dan Delta.

“Secara susunan mutasi ada bagian di varian UK yang tidak ada di varian Delta, tapi ada di South Africa. Kalau Omicorn adalah kombinasi keduanya, ada dari UK ada dari Delta dan South Africa. Susunan mutasi asam amino Omicron itu sangat berdekatan dengan FCS, dengan two poin mutation, sedangkan alpha dan delta adalah single point mutation di daerah FCS,” ujarnya.

Prof Nyoman bersama tim kemudian meneliti lebih jauh seberapa besar kekuatan Omicron untuk berinteraksi dengan human Furin di daerah FCS dengan two point mutation tersebut. Kemudian ternyata ditemukan bahwa kemampuan tempel atau binding energy pada human Furin memang lebih tinggi, yakni 73,56 kkal/mol. Sedangkan binding energy dari Alpha dan Delta sekitar 52 hingga 62 kkal/mol.

Meski demikian butuh penelitian lebih lanjut terkait dampak lain lain dari tingginya kemampuan Omicron dalam binding energy dengan sel inang. Daerah spike sendiri merupakan target utama dalam pengamatan varian Covid-19 sehingga Spike Gene Target Failurenya (SGTF) merupakan salah satu metode yang bisa digunakan dalam mendeteksi varian Omicron.

Tetapi SGTF juga masih belum bisa secara fokus menentukan apakah itu varian Omicron atau model mutasi lain yang daerah mutasinya berada di spike atau gen S, karena varian Delta juga merupakan varian gen S. Namun, Universitas Airlangga (Unair) melalui Pusat Riset Rekayasa Molekul Hayati, yang dikepalai oleh Prof. Dr. Ni Nyoman Tri Puspaningsih, M.Si mengatakan bahwa Unair telah menerapakan satu teknologi pendeteksian mutasi virus yang disebut Genotyping, yang prosesnya jauh lebih cepat dan murah jika dibandingkan SGTF dan WGS (Whole Genom Squencing). Teknologi Genotyping di Unair pun telah digunakan untuk PUIP mendeteksi varian D614G dan Q677H pada tahun 2020.

“Teknologi Genotyping ini selain cepat dan tentunya lebih murah dan juga menjadi supporting teknik selain SGTF dan WGS. Dengan pengalaman Unair dalam mendeteksi varian D614G dan Q677H, maka teknologi genotyping pun bisa digunakan untuk mendeteksi dengan cepat dengan menggunakan primer dan probe khusus untuk varian Omicron,” ujar Prof Nyoman.

Untuk itu Prof Nyoman menyarankan langkah yang bisa dilakukan adalah terhindar dari infeksi Covid-19 dengan melakukan vaksinasi dan ketat dalam protokol kesehatan 5M. [adg/suf]


Apa Reaksi Anda?

Komentar